Desde su fundación en 1549, pamplona se constituyo en el centro evangelizador del oriente colombiano y de los Andes venezolanos, pues paralela a la acción colonizadora se desarrollaba la evangelización de los aborígenes y la organización religiosa de los españoles y de los recién llegados al bautismo. Así por obra de los Dominicos, Franciscanos y Agustinos van surgiendo las "Doctrinas" en los diversos lugares de evangelización que darán mas adelante origen a los pueblos y parroquias. un extenso territorio estará durante el tiempo de la Colonia bajo la guía del Vicario de Pamplona.

Fundada la Arquidiócesis de Santa Fe de Bogotá, este territorio quedo adscrito a esa jurisdicción eclesiástica y recibió la constante visita de los Arzobispos de Santa Fe. Formo luego Pamplona, parte de la Diocesís de Mérida y por ello en la época de la independencia Monseñor Lasso de la Vega frecuento la ciudad en donde fundó el Colegio Provincial de San José y el Colegio de ordenandos que daría origen al Seminario Conciliar.

En los primeros años de la independencia fue madurando la idea de que Pamplona fuera sede episcopal hasta que en el año 1834 el congreso de Colonia en ejercicio del patronato y mediante decreto solicita la erección de la Diocesís de Pamplona. Como expresión de la benignidad que la Santa Sede empieza a mirar el nuevo gobierno de la Nueva Granada el Papa Gregorio XVI erige la Diocesís con la Bula Coelestem Agricolam del 25 de septiembre 1835.

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